《口袋妖怪水晶漢化版》是GBC平臺上口袋妖怪第二世代游戲的第二部作品，《口袋妖怪金銀》的第三個版本。與其他版本不同的是部分怪獸獲得新的升級技能。

與金銀版的區(qū)別——設(shè)計變化：桔梗市西邊新增了一片草地，并且在這里可以捕獲卡蒂狗。這就使得沒有選擇炎系初學(xué)者神奇寶貝（在這個版本中是火球鼠）的玩家能夠比其他版本中更早地收到炎系神奇寶貝。冰之通路的迷宮變化，并且內(nèi)部結(jié)構(gòu)改為冰結(jié)構(gòu)。燒焦塔全部重新設(shè)計。神奇寶貝聯(lián)盟中渡的房間重新設(shè)計。雷公、水君和炎帝的戰(zhàn)斗擁有特殊的戰(zhàn)斗音樂。水晶版也是第一與傳說中的神奇寶貝對戰(zhàn)會出現(xiàn)不同的戰(zhàn)斗音樂的版本。龍穴做了細(xì)微的調(diào)整：龍圣祠開放，圣祠后院添加了四棵鐵頭功樹。首次添加了神奇寶貝的登場動畫，這個設(shè)計曾一度被廢除，直到綠寶石版才再度采用。某些神奇寶貝的圖像重新設(shè)計，譬如黑魯加和雷公；狃拉、水君等在金銀兩版中共用同一圖像的神奇寶貝的圖像做了細(xì)微調(diào)整。然而大多數(shù)神奇寶貝仍舊沿用金銀版的圖像，部分訓(xùn)練家的臺詞改變。地點變化：在金銀版中，白銀山之前是無法遇見它的。部份訓(xùn)練家站立的位置做了調(diào)整。關(guān)都地方的野生神奇寶貝分布稍許改動。