家用游戲主機上的名作，前后出過不下數十集。這個洛克人X3是其中水平比較高的，游戲中玩家可以使用威力強大的角色“Zero”來協助Megaman。

洛克人X3故事由天才雷普利機械人科學家多普勒博士而起。

異常的編程(因為小西西異常病毒)已經被壓制了。

他最偉大的發明Neuro電腦，保護者所有的已安裝一個Neuro芯片的雷普利機械人以免變成一個異常者。

上百個高級的雷普利機械人開始了解多普勒博士，把他當成一種領導，然后開始加入他。

他們一起建造了一個新的雷普利機械人和人類的烏托邦(理想國):多普勒城，但是和平不會持續很久。就在多普勒城完成后的幾個月，許多居住在那的雷普利機械人開始變得狂暴，還開始攻擊其他雷普利和人類。他們奇跡地變成了異常者，盡管他們安裝了Neuro芯片。不久后人們就了解到，多普勒博士一定是這些攻擊的后盾。

現在，一個Mechaniloids軍隊正在攻擊異常者獵人的總部。x和zero，正在從其他任務中返回，必須阻止這個軍隊破壞獵人總部或者是更重要的事情，他們必須阻止多普勒實行他曲折的計劃，無論它的后果怎么樣……