第十一關：丟失的數據lost research data
返回水源鎮后在酒吧的地下室和馬歇爾上尉、伊麗莎白見面，上尉認為權威肯定已經知道玩家從方舟中出來，所以立即讓玩家返回方舟拿身份驅動盤，里面包含著很多重要情報。出鎮子后直接來到方舟外面，消滅幾名權威的步兵后進入方舟，拿了驅動后出來，權威已經派遣少數步兵增援，用狙擊槍擊斃后乘車回來，途中可拿一些火山礦石拿回去賣錢。
到鎮子酒吧里把驅動交給上尉，上尉提及權威可能正在使用重新編程的納米裝置控制變異人，他需要玩家潛入死亡之城研究院放置主服務器的房間里拿到數據。
來到死亡之城外圍后和原來一樣從下水道進去，只不過這次要從前一次出來的門口進去，里面的地形和原來一樣，只不過換成了權威的士兵防守，如用狙擊槍進攻的話十分簡單，大致是兩槍一個，穿過雪地進入研究所后會看到權威設置的激光柵欄，用脈沖手雷炸毀一個進去，數據盒就在服務器上面，拿到后右側的燈變成綠色，打開房門毀掉另一個控制裝置，等激光柵欄消失后通過，樓梯上面權威派來增援部隊，消滅后回到上面進入死亡之城的街道。來到原來大戰觸手變異人的地方從斜板上去，用脈沖手雷隔著樓板炸掉下面一層的控制器，激光柵欄失效后通過。回到最外圍的地下公路后會遇到權威的重型步兵，穿著銀白色的鎧甲，狙擊槍多次命中頭部均無效，最后用兩枚火箭解決。

第十二關：地鐵鎮subway town
回到水源鎮和上尉見面后，上尉認為呆在水源鎮已經不安全，因此設置了通訊干擾裝置后和玩家乘坐熱氣球趕到抵抗組織的基地地鐵鎮（subway town），地鐵鎮位于新月城（crescent city）的廢墟下面。在途中他告訴玩家本來政府已經對以前小行星撞擊地球做好了準備，但柯若思將軍（general cross）在很多方舟里放入了他的士兵，改變了最初的計劃，抵抗組織的任務就是恢復原來政府的計劃。
來到地鐵鎮后上尉大致介紹了一下情況，上尉原來乘坐的方舟已被羅薩德（lassard）改裝成行動中心的主機，可以監視權威的行動，基地里的杰克·波特曼（jack portman，胸口有個坦克的那人）是軍火專家，所羅（saul）在鎮里經營車庫，為基地打掩護，鎮長紅石（redstone）是個笑面虎，同時和權威、抵抗組織打交道，經常出賣別人，但為了對付權威，又必須贏得此人的信任。玩家接手的第一個任務就是和紅石打交道，成為他的左右手。
從基地左側的通道過去，乘電梯來到車庫，出去以后到地鐵軌道對面，登上樓梯，紅石的辦公室就在邊上，外面有個看守，進去后紅石讓玩家去幫弗曼·瓊斯（foreman jones）對付變異人，臨走前把紅石辦公桌左邊的木偶拿走，到樓上另一面的商店里去見簡妮（jani），她手里拿著個棒棒糖，頭上戴個印著粉紅骷髏的鋼盔，口氣略帶挑逗及撒嬌感，在她那里先把以前帶來的貨物處理一下，買一些彈藥，樓上另一個上鎖的房間可用工具打開，里面的礦石也能賣些錢。樓下霏滋酒吧（fez bar）里的店主（brick）由于強盜影響了他的送酒路線，因此每摧毀一輛強盜的車子就能獲得回報，摧毀權威的捕食者賞金加倍。

第十三關：藍線站the blue line station
從紅石辦公室下來后從左下角進入地鐵，轉彎不久就看到弗曼·瓊斯，他說正在四處擴張的變異人挖入了藍線站，他想要玩家去阻止變異人的擴張勢頭，接受任務后從車庫出地鐵鎮，跑到鎮外的大橋下面進入藍線站，穿過走廊和車廂，到處是地鐵員工的尸體，變異人來回奔跑，經過幾道鐵閘門跑到樓上的一個箱子那里拿到炸藥包后身后的柵欄關閉，許多變異人爬上二樓大肆進攻，最好用霰彈槍應付。成功后柵欄再度打開，干掉一些拿著燃燒瓶的變異人后來到樓下，辦公室的大門會被一人撞開，進入這個被燒毀的網吧后看到一節地鐵車廂嵌在樓層中。
經過車廂出來到地鐵樓梯中央的大廳再次遭到大批變異人圍攻，穿過破損的廁所一路來到候車廳，那里除了近戰變異人外還會遇到一個持火箭筒的巨型變異人，先在運動中把近戰類步兵解決，然后用手雷或狙擊槍擊斃火箭筒兵。從他駐守的門口過去，進入后面的甬道，身后的鐵柵欄會自動關上，沿甬道殺過一段距離后在坑道里找到安放炸藥的四個地方（找不到的話可以留意地下的引爆線），然后繞到對面按下引爆器，炸毀坑道后出現兩個長著觸手的巨型變異人和大批步兵，先用手雷炸死巨型變異人，剩下的用霰彈槍對付，消滅后引爆器后面的車廂門打開，通過以后回到藍線站出口。

第十四關：銀行金庫gearhead vault
回地鐵鎮見弗曼·瓊斯，然后再去辦公室見紅石鎮長，傳言鐵頭幫（gearheads）掌握了將钚和火山礦物混合在一起的技術，控制了附近地區的電力供應，他讓玩家去蕩平這個幫派的據點，順便把他們藏在銀行金庫里的技術拿回來，這樣可以解決鎮上的能源問題。臨走之前，紅石給了玩家行政辦公室（management office）的鑰匙，這個辦公室就在二樓上。
打開行政辦公室大門后，里面有一條暗道直通鐵頭幫的老巢，打開大門后是個車庫，步兵和機械蜘蛛聯合防守，用狙擊槍一路清掃，到車庫后面區域時上面會走下來一個重型機槍兵，三個手雷外加狙擊頭部很容易就能打死。上去以后轉到酒吧，外面的路被燃燒的火焰擋住，只能從酒吧內的梯子爬到上層，繞到對面的平臺上關閉火焰閥門，然后回到樓下酒吧，從門口過去，在那里會遇到第二個重型機槍步兵和一幫步兵，解決后穿過銀行的會客大廳，進入辦公區，在辦公室內會同時遇到兩個重型機槍兵，只能用手雷和霰彈槍對付。
出辦公室走到樓梯口，上面一個近戰兵扔下一個油桶，將其擊斃后來到后面的房間，這里的一個螺旋槳會被電線每隔數秒通一次電，待其停止時迅速通過，后方就是被炸開的銀行金庫，在背面拿到設備后又出現一個重型機槍兵，用幾個手雷將其炸死。出來以后不久螺旋槳前方的墻壁被人轟開，從破口處出去，下面的大廳里有少數敵人，通過后在左側樓道關閉火焰閥門，前進不久又遇到兩個重型機槍兵，借他們在門口時迅速扔出四五個手雷就能將其炸死，然后按照原路返回地鐵鎮。

第十五關：電廠the power plant
在鎮子里再次見到紅石后，他怕鐵頭幫的人發現是他派玩家去搶東西，切斷鎮子的電力供應，所以一不做二不休，讓玩家到電廠將電線直接通到鎮子，完成后他將派人接管。
出鎮子以后使用帝王車子對付半路上過來襲擊的敵軍車輛果然比較輕松，帝王上面的火箭只需一枚就能擊毀一輛車子，生命值也比較高。進入電廠后有個變異人正背對著大門吹著口哨掃地，恰好可用狙擊槍打他的頭，擊斃后關掉另一邊的電閘以通過走廊，另一邊的電閘在電網后面，要用脈沖手雷炸掉，地上尸體邊是硬弩和彈藥。在下面一層破壞另一個電源裝置后在房間里拿補給，然后通過右上角的房門進去，里面有大量的步兵，其中包括重型機槍兵和機械蜘蛛，外面由鐵支架構成的樓層處更是構成交叉火力，全部狙擊完畢后來到最上面的電梯處，敵軍會從底部增援，電梯抵達后進入。
電梯往上升了很多層，被敵軍發現后破壞了電梯的纜繩，一下子從高處跌到底樓，從殘骸中爬出來后外面敵兵配合機械蜘蛛進攻，解決后從隔壁房間的扶梯爬上去，穿過對面的走廊和過道，且戰且行，在隔壁屋子的對面下樓梯，身后被火焰封鎖，房間里還出現了掛在支架上的旋翼，消滅對面樓梯口的步兵后利用時間間隙穿過旋翼的殺傷范圍，登上樓梯后一連在幾個類似的電力房內和敵人周旋，從一個小門看到外面較長的通道后敵人大批出現，其中包括帶有氫氣瓶的噴火兵，用狙擊槍命中其頭部，此人受子彈影響就會扭過身去，這時命中他的氫氣瓶，就會連人帶瓶升上天去。
穿過這條甬道后進入對面的房間，很快會從上面下來一個榴彈兵，用手雷把他炸死，進入上面的房間后拉下電閘，從上面出去和隊友會合，在鐵架上掩護他們和鐵頭幫的人對攻，成功后身后的大門打開，出電廠回地鐵鎮。