Sequence 1

前情提要（中文字幕版可見此）結束后，玩家／Desmond進入Ezio的一 段記憶（Sequence 9），但內容異常混亂。接下來，Ezio的記憶跳回1499年12月的梵蒂岡（《刺客教條2 》的尾聲），與「女神」Minerva于西斯汀教堂地窖的相遇。Minerva留下了謎語般的一句話「接下來靠你 了...Desmond」后便消失無蹤，滿腹狐疑的Ezio步出地窖，發現先前倒地的教宗亞歷山大六世／Rodrigo Borgia已逃之夭夭，他的權杖也自動封入地底。



這時Ezio 的叔叔Mario正好趕來，待Ezio爬出地窖（按住Y鍵不放打開Eagle Vision可看到攀爬點）后，兩人一同離 開梵蒂岡。來到河畔，Ezio不知是否該把依甸殘片之一的蘋果丟入河裡，猶豫許久后，Mario要 Ezio先把蘋果交給他，之后再處理。

兩人回到 Monteriggioni莊園（二代的基地），受到眾人的歡迎。Ezio的妹妹Claudia出來迎接，并問起敵人的狀況 ，Ezio要她召集阿薩辛的成員在今晚會面。玩家在Monteriggioni莊園裡跟隨地圖上代表任務的驚嘆號與 導航點完成叁個簡單的事件（拾取東西并跟隨NPC／騎馬／使用大砲）、熟悉游戲的流程后，就能回到別 墅門口，與Caterina Sponosa碰面并與阿薩辛同志會談。
然而，會談中眾人對于Ezio留了Rodrigo Borgia一命皆感驚訝，馬基維利（Niccolo Machiavelli）認為Ezio此舉后患無窮，還因此而氣沖沖地離 去。



回到臥房，Ezio與Caterina一 夜春宵，醒來時卻發現莊園遭人突襲。Ezio套上外衣就趕緊從砲擊留下的缺口一躍而出，發現整座城池遭 到 Borgia一族的勐烈攻擊。Mario叔叔率兵從正門迎敵，Ezio則騎馬朝城墻趕去，操作大砲阻擋敵人攻勢 、為鎮民爭取避難的時間。



策馬奔至城墻，從倒塌樓梯處 的墻垣缺口往上爬，就會觸發城墻耐久度的倒數計時：玩家要在倒數結束、城墻全毀前盡快操作大砲摧毀 敵方砲臺（地圖上的紅點），讓鎮民全數逃出（0／500）。操作大砲時記得瞄準兩座炮臺的中央射擊，如 此一來可同時摧毀兩座砲臺，也才夠爭取足夠的時間。摧毀一定數量的砲臺后，Ezio得操作另一座大砲， 盡快摧毀敵方砲臺，已完成這個任務。



接下來 ，敵方的攻城塔會搭上城墻，Ezio只好趕去攔截進入城內的士兵。利用墻邊的臺踢（按住RT鍵并朝其移動 ）就能瞬間飛上樓頂，從樓上飛躍刺殺一名敵兵后，再用近戰打倒殘存的敵人。近身戰的操作方式和前作 相同，X鍵砍殺、RT鍵格擋，當敵人頭上的體力表閃爍白光時表示他即將發動攻擊，這時抓準對方出招時 間，按住RT鍵不放的同時按下X鍵便能格擋反擊，一招擊殺敵人。殺死一名敵人后，Ezio便能進入連殺狀 態，在攻擊不中斷的狀態下只要攻擊命中就能立即擊殺敵人，多多練習對今后的戰斗很有幫助。



打倒城 墻上的入侵者，Ezio往下瞧見Mario叔叔無力地癱倒在地，Rodrigo Borgia之子Cesare Borgia與Lucrezia Borgia得意洋洋地尾隨在后，后方押著Caterina的Cesare手裡還拿著蘋果。Cesare Borgia以 Mario為餌，持槍作勢要殺害之；就在Ezio急切地奔上屋頂時，城墻上火槍齊發，將Ezio擊落于地。



城裡的傭兵救起了身負重傷的Ezio，一群人急忙朝別墅撤煺 。擊煺沿途的敵人來到別墅，發現Claudia正遭到Borgia士兵的攻擊。解救妹妹并掩護她朝別墅裡的密道 前進（別離她太遠），進入別墅后Ezio就能帶著母親與妹妹從莊園北側的密道離開。Ezio告知兩人Mario 的死訊，請妹妹帶著母親前往翡冷翠（Firenze）避難，自己一人挺著傷勢隻身前往羅馬；獨行至夜， Ezio卻重傷難耐，昏迷落馬...





場景回到現在，阿薩辛小組躲避Abstergo Indistries／圣殿武士的追捕，驅車來到 Monteriggioni莊園。車上，Desmond的回憶之旅突然中斷，小組工程師Rebecca也無法追蹤Ezio記憶裡依 甸殘片的所在；為了找到Minerva口中的其他圣殿所在，Lucy認為眾人必須找出Eizo記憶中的蘋果 ，才能尋獲其他的伊甸殘片，拯救地球可能陷入的危機。Rebecca發現Eizo于西元1507年把蘋果 藏了起來，但讀取Eizo當時的記憶時，卻發生回憶重疊的現象而無法存取。Shaun Hastings推測 Eizo當時的心理困境對Desmond造成反饋，得等到Desmond提高自己與Ezio的同步率，才能順利進入該段記 憶。



為了躲避圣殿武士的偵察，一 行人躲進Monteriggioni莊園的別墅，打算在此建立臨時基地。Desmond與Lucy跟著Desmond的記憶視覺前 進，找到了莊園外的密道，雙人協力解開密道裡的機關，并沿著密道一路走回了別墅地下的密室。在密室 入口啟動Eagle Vision并打開書柜讓Rebecca與Shaun進門，大伙在Ezio的秘密基地從新立足。

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