二代的劇情銜接著一代的最后，D小隊成功的將光子炸彈投進了獸族的主要據點，維安政府以為這樣便可以成功的消滅掉獸族，沒想到獸族大難不死的逃過了一劫，并且再次集結了更龐大的武力攻向維安政府的首都賈辛圖，維安政府的軍隊節節敗退‧‧‧ 　　在受到獸族連番猛攻之下，維安政府宣布要對獸族的大本營-蘭登市進行突擊，然而在這一次突襲行動的最后卻發現獸族打算利用巨大的鑿地蟲將賈辛圖直接崩毀，在陰錯陽差之下被鉆地蟲吞進肚子里的D小隊從內部將鉆地蟲的心臟血管鋸斷，阻止了鉆地蟲的挖土行動。 　　正當D小隊打算要退回賈辛圖時卻又被臨時指派去尋找獸族女王所在的位置，馬可斯發現藏有獸族基地的工廠正培育著一些被稱為種獸的謎樣生物，為了取得獸族基地位置，馬可斯誤將這些種獸釋放出來，在最后馬可斯利用鐵門隔離了這些種獸‧‧‧ 　　取得獸族基地位置的D小隊開著半人馬坦克前往 雪山并且成功潛入了獸族的基地，馬可斯要多姆跟他潛行到內部引導維安政府的軍隊攻擊獸族皇宮，然而多姆為了尋找他的老婆而要求馬可斯先幫助他，在無可奈何之下馬可斯只好跟他一起去尋找，馬可斯利用獸族的終端機找到了一些線索，同時也發現到如果反過來利用賈辛圖崩毀這一點可以直接摧毀獸族的大本營。雖然馬可斯找到了能夠消滅獸族的方法，可是多姆卻找到了他最不想遇見的答案‧‧‧ 　　憤怒的多姆跟馬可斯一路殺到獸族皇宮附近，利用杰克的定位共鳴器將維安政府軍隊一一的誘導過來，途中卻發現獸人被螢光族打得節節敗退，也因此得以趁機進入到女王所在的宮殿。 　　在司寇將軍的牽制下獸族女王成功的逃離皇宮，D小隊為了追女王騎乘掠奪獸跟司寇將軍一決死戰，最后勝利的結果卻失去了女王的蹤影，D小隊只好趕回賈辛圖協助維安政府軍隊防守并且執行崩毀計畫。 　　深知維安政府計畫的獸族傾全軍對賈辛圖展開總攻擊，馬可斯跟多姆被指派去引導制造中的光子炸彈的引爆點，馬可斯想到了利用巨龍獸將賈辛圖地下的巖柱擊毀制造了一個大洞，不料載運光子炸彈的直升機被馬可斯乘坐的巨龍獸給擊毀，同時巨龍獸因為長時間處于伊姆能源之下而突變成螢光族，急中生智的馬可斯利用黎明之錘將同等于一枚光子炸彈的螢光巨龍獸給燒毀，一陣巨大的爆炸摧毀了賈辛圖，以及在這之下的獸人基地，二代的劇情到此結束‧‧‧ 　　然而，維安政府跟獸族的戰爭還沒有結束‧‧‧ 

第一關 危機四起