主角是名叫“Alcatraz”的海軍陸戰隊隊員，運輸途中遭遇外星人襲擊，處于死亡邊緣，被Prophet所救。由于Prophet感染了外星病毒，成了類似于活死人/walking dead（意識存在，肉體已經不行了這種。和喪尸之流正好相反）的東西，脫離NANOSUIT后，會被慢慢侵蝕。（游戲中期會發現Alcatraz也被感染了，所有臟器全被感染破壞，僅僅靠NANOSUIT存活）。

    Prophet將NANOSUIT給了Alcatraz，寄希望于Alcatraz，然后舉槍自盡。敵人和聯絡他的科學家到中期才知道NANOSUIT中的人已經不是Prophet，換人了。
整個游戲里納米服公司的雇傭兵為了奪取這套服裝要追殺主角。一代里面派遣納米服特種小隊去執行任務其實是納米服公司大boss Prism的陰謀，為了進入核心，獲取外星人數據，打造超級人類特種兵，對抗外星人（也有Prism的野心），而期間的媒介就是Prophet的這套納米服，融合了外星生物的數據。最后就是Prophet的這套納米服逆向摧毀外星生物。
    結局處，由于Prophet的意識保存在了NANOSUIT里面，告訴Alcatraz“我們（指Prophet和Alcatraz）還不能死，這還遠沒有結束”。結局過后一段動畫出現有人聯絡主角
    “And you are？”
    “They call me ……… Prophet”
    應該是那套NANOSUIT里面包含了Prophet和Alcatraz 2個意識，抑或是2者融合。