游戲中玩家可以實現三種線性結局，第一種就是留在33營，還一種是CIA線，另一種就是主角線了。留在33營和CIA線嚴格來說不能算是劇情結局，只能算是主角自己的結局，其實就個人來說，更喜歡那兩種結局。從主角線上來看，第一我不相信這種有那么嚴重的會應激發作的病態人格的人如何能通過三角洲部隊的層層選拔，就算他再怎么能打仗也不能用，軍人就是完成上級交給自己的任務。而這個walker，這么的剛愎自用，好勇斗狠；還有那個上校自殺我也感到不可思議，一個軍人對盡力而為卻沒做到的事情去自殺，首先就是一種不負責任，是一種逃避責任的做法。嗯……個人抱怨扯完了，該說說游戲結局本身了。

1、留在迪拜的33營。上校因為無法完成救援任務,撤出城中平民,被內心的愧疚感包圍,發出一段訊息后,開槍自殺。剩余的33營士兵分成兩派,一派主張放棄任務撤離,一派主張救助平民維持迪拜的秩序。最后后一派成為主導,并且對一部分主張撤離的成員進行了滅殺。之后33營在迪拜建立類似軍事獨裁性質的統治。雖然有民眾暴亂,但依然有大批民眾支持其做法和統治。至于33營為什么一上來就像主角們開火,那是因為他們認為主角是cia一方的。(事實證明主角做的事情是在幫助cia)

2、CIA線。由于擔心33營做法被曝光,數名cia特工潛入迪拜,煽動暴亂民眾成立反對派(暴民)?他們在嘴上說要支持民眾推翻33營拿回城市,但實際上只是為了將迪拜所有的一切,難民,33營,全都埋葬在黃沙之中,以保護美國的國際形象和國際利益。而他們的做法就是破壞迪拜城的水源供應。事實大家都知道,他們最后成功了。

3、主角線。主角并非像很多傳統陰謀論游戲那樣,是送進去當炮灰或者是干嘛的(反正沒solid snake的待遇)。他們一行的最初目的是負責定位和營救上校。因為上校是巴頓將軍之后最偉大的將軍。而主角由于阿富汗的行動,對上校心存尊敬。主角三人的目的一開始只是"定位"上校的位置,然后把工作交給其他戰友去做,而主角由于對上校的特殊感情,私自將任務定位為營救上校,結果導致之后的一系列悲劇。

在第一次接火33營的時候,主角完全沒有聽從lugo的撤回建議,直接個人英雄主義爆發,一路殺了進去。并且主觀地認為33營已經叛變國家,需要清除。并且非常肯定上校一定不在叛變之列。注意:在誤殺47個平民之前,主角的精神是完全正常的,所以看到的,聽到的都是實際存在的。然后故事發展到誤殺平民之后,主角由于精神崩潰出現幻覺,腦中主觀地將責任推給之前十分信任的上校。之后的對講機,上校的話,包括大橋上吊的人等等都是他的幻覺。而主角在不之情下,繼續幫助cia特工完成任務,結果導致迪拜供水中斷,所有人都將等死，之后主角精神進一步錯亂。

后面一段情節我的理解和論壇上大部分人都不同就是,lugo確實是被憤怒的難民給吊死的。主角則是下述幾種情況。

1、最切合實際的還是walker殺上校然后和趕來的美軍在槍戰中被擊斃,在懺悔中血肉模糊地含恨而終比較符合故事邏輯的實際情況。

2、最體現walker病入膏肓,八頭牛也拉不回的偏執的精神狀態和極度優秀的戰爭基因的結局是殺上校,然后把趕來的美軍同胞全殺了,這時候他就是一個徹頭徹尾的病態分子(神經病+變態殺人狂),當然我認為這家伙最終還是要被消滅的!!打不死他也渴死他了。

3、最給人'一線生機'的結局。walker殺了上校,然后向趕來的美軍投降,車上walker言辭閃爍,從此將事實永遠掩蓋在地底下,walker有無數的機會編個瞎故事回去交差,只是可惜了那兩位被walker的個人英雄主義所戕害的原本親密無間的同胞兄弟(玩家也是有感情的,在這一點上我覺得walker這人真不是東西)和那些被有意無意殺害的無辜的士兵與平民。

4、朝自己開槍和讓上校數完5秒再朝自己開槍都差不多了,反正都是自殺,但自己主動朝自己開槍表示walker意識到是自己的錯了,算是個爺么,舉動雖屬無奈,但也算是取義成仁了。讓上校數過5秒再開槍表示walker還是想把這事推在別人身上,但潛意識也知道罪過全是自己一人造成,怪不得別人。兩種選擇結局動畫一樣。