將軍（THE BAD GUY，名字忘了……）利用職權命令并欺騙了Dead Echo，主角所在的小隊，讓他們殺害無辜市民來滿足聯邦各種需要。最后一次行動殺死了女主角的父親，一個發現了將軍劣行的記者。主角的小隊在這次行動中發現了記者的文檔，也知道了自己被將軍所欺騙，與將軍翻臉（這是游戲開始不久飛船墜落時發生的回憶）。

　　因此Dead Echo遭到了通緝（游戲開始時），遭遇戰中發現了將軍的飛船，主角由于醉酒且一向沖動行事，害死了2個隊友，與幸存的另一個隊友，一半身軀被電子替代的Ishi墜落到某星球（本游戲主戰場），與此同時將軍的飛船也被撞毀到這個星球。Ishi的電子腦部分屬于聯邦，也就是將軍一派，所以游戲過程中一直在掙扎。他們要脫離星球，就要找到同時在星球執行任務的另一個聯邦小隊，也就是由女主角率領的小隊，通過救援艙離開。

　　中間一段有些模糊（玩的太盡興了就沒心思看英語了……），大概是女主角的通訊設備損壞，要找到他的另一個隊友，期間幾人對話得知女主角就是那個記者的女兒，主角告訴他是將軍下令殺死他父親，但隱藏了是誰扣動的扳機。結果最后找到了將軍的逃生艙，將軍此時丟出砝碼說他的救生船要在3小時后才能到，而這個星球的DNA炸彈將在2小時內爆炸，并趁機將女主角推下高樓（其實是因為同伴太多了，影響玩家游戲體驗 = =）。3人經歷了地下污染地帶，這時將軍也介紹了一些游戲背景，地下的變異生物都是平民被驅散到地下變異而成，所以主角殺的都是平民，以此來挑釁主角。主角，將軍，Ishi3人到達DNA炸彈處，將軍再次設計，讓主角啟動了DNA炸彈，并把主角2人鎖在放置炸彈的房間內。在密室里繞來繞去，最后被女主角所救，她說是抓住了電纜逃生（我其實也早知道了 = =b）。

　　將軍即將程飛船離開，幾人爭分奪秒登上了飛船，面臨的是皮異常厚的士兵……女主角想親手殺掉將軍，所以親自離開去尋找將軍。幾經波折最后4人終于對峙。女主角知道了真相，不過沒有爆發……將軍控制了Ishi(省略格斗場面)，最后Ishi陣亡，將軍重傷。男女2主被彈射出飛船，最后靠將軍原來的飛船的逃生艙加爆炸逃離了即將被DNA炸彈洗劫的星球。

　　Credit過后的黑屏對話：大致意思就是將軍也通過電子移植手術存活下來，并改造了Ishi，伏筆由此產生。