第1關：魯莽行事

　　首先，游戲片頭以新聞報道方式詮釋了紐約目前發現了一種新型病毒，正在急劇擴散，很多人類受到了感染。隨后主角阿卡特茲美軍陸戰隊員迷迷糊糊的登場了，此時隊友叫你搖下頭（晃動下鼠標即可）。

　　在與隊友談笑完當前行事后阿卡特茲所在潛艇被襲擊了，全部隊員迅速逃出潛艇，到第一個門口按“C”蹲下過門，第二個門也是。

　　當主角抵達第一個艙門時隊友呼叫其幫忙，走到跟前按“F”互動開門。

　　門打開了之后跟著隊友迅速游出潛艇。

　　當阿卡特茲與部分隊友逃出潛艇時，以發現水面上依然是一片火海，船上的隊員基本全部陣亡，正當大家還鬧不清發生了什么事的時候，夜空突然出現了一搜外星戰機，對陸戰隊員們瘋狂掃射。而此時，納米戰士出現了，用重機槍擊毀外形戰機，并將阿卡特茲帶走了。

第2關：二次機會

　　第1關結束后，主角從昏迷中醒來時自己已經變了樣子，穿上了先前救他的那個人的納米服。該關的主要任務是去尋找博士古德。

　　納米服擁有智能系統，將阿卡特茲的DNA與衣服結合，動畫中了解到救他的人被大家稱為先知（實際上就是1代黑人隊長），其自身已經被外星病毒嚴重感染，無法繼續執行任務，將其納米服脫下交給了陸戰隊員阿卡特茲并在系統中留下了其任務目標與其影像。

　　隨后先知為了中斷與病毒的聯系舉槍自殺了。

　　先知實體旁邊的桌子上有“狗牌”。

　　走到門前按“V”進行肉搏攻擊，擊打開門鎖。

　　穿過一系列障礙物走到2樓有斷橋，按住“space空格”鍵不動進行納米服能量的超級跳躍來越過斷橋。

　　走到底后，抬頭發現斷層，同上按住“space空格”鍵不動躍上斷層。

　　走到門前按下互動鍵“F”開門。

　　出門以后走到花園中心，按下“B”后，開啟戰術望遠鏡，納米服AI系統開始強制控制，對你進行智能教學，按下“鼠標右鍵”放大，瞄準敵人或戰術物品時按下“F”可鎖定其目標，鎖定的目標會在左下角地圖顯示出來。再次按“B”關閉戰術望遠鏡。（戰術望遠鏡在最高難度下非常重要，因為其有穿透監測敵人的功能，將全部敵人鎖定后可從小地圖上隨時觀測敵人動向）。當鎖定完敵人以后下樓拾取手槍彈藥。

　　高難度下在前期還沒有學會防御能力的前提下很容易被敵人秒殺，可以利用掩體射擊。

　　殺完兩個CELL敵人以后進入大門。

　　進入大門以后，按“E”隱匿，納米服的智能系統再次教學，隱匿后的玩家在一定距離內不會被敵人發現，過近的話還是會被發現的，并且隱匿狀態會消耗右下角的納米服能量，移動時則消耗更快，當能力解除時能量會在一定時間內快速恢復。

　　隱匿狀態下走到敵人背后按下“V”可不動聲色的刺殺敵人。

　　盡量以隱匿狀態下瞄準好敵人以后以最快速度擊殺，高難度下納米服也是很脆弱的……順便一提，當你被敵人發現后以最快速度隱匿并移動開最后現身的地方即可脫離敵人的攻擊。

　　滅掉這幾個CELL敵人后躍上集裝箱。

　　此時會來一輛吉普車，下來3個敵人，玩家可選擇與其戰斗或者隱匿無視掉他們，隱匿的話注意能量，走到路中央沒能量可是很悲催的……在這里下樓梯后往右拐會有雙通道的大門，進入即可，不過里面有眾多CELL部隊，建議先對所有敵人進行戰術望遠鏡鎖定后尋找最佳路線或者擊殺敵人。

　　進入大門后直走有個集裝箱，可用來補充彈藥，之后繼續往前走。

走到這里時拐入，里面會有兩三個敵人，基本上是只能干掉了。

　　走到里面進入黃色集裝箱（帳篷？）。

　　里面會有一扇門，對著密碼盤按下互動鍵“F”開門消毒進入。

　　里面有兩名CELL成員，等兩人分開后，隱匿按“V”一個個刺殺掉。

　　走到底后監測病毒，發現有病毒，系統不給開門，走過去互動鍵“F”強行打開。

　　當出來以后徑直走到底最后一個路口左拐進入商店，里面會有一個紀念品”自由女神像“，拾取后往前走左拐。

　　躍上垃圾箱翻墻頭。

　　此時提示按“Q”開啟防御，納米服再次教學，防御能力會根據你受傷程度來消耗能量。

　　教程完后敵人發現你，防御狀態下盡快解決掉這幾個CELL成員。

　　干掉敵人后往前走進行戰術補給，最好還是先鎖定敵人方便行事，此時可連按兩下主鍵盤的“1”來換至手榴彈炸掉下面的敵人，當然也可以繼續無視掉隱匿穿過。

　　隱匿后貼住右側走。

　　到這里時會有一個敵人看守，解決掉后跳入他身后的下水道。

　　下水道里面的水是有高壓電的……開啟防御能力盡快游過去以節省時間。之后會看見一個洞口，蹲下過去進入停車場。（這里算是近路，大家也可以選擇從正面和敵人突擊過去）

　　第一個大門按下“F”用蠻力抬起。

　　第二個大門蹲下過去。這里順帶一提，按住“Shift”跑時在按“C”蹲下即可滑行。

　　過去后會發現一個人類正在被外星蟲叮咬致死，不過可以放心，主角是納米服，這種蟲子還是不會造成任何傷害的，就是比蟑螂大點。

　　再到一個大門按“F”抬起。

　　此時會發現一個CELL成員被群蟲叮咬，給他一槍解脫吧……

　　拐入群蟲的放向發現斷層，大跳躍上斷層，爬樓梯，第二關結束。

第3關：驟然沖擊

　　 第3關開始依然是先去追尋博士古德，并且CELL部隊指揮官洛克哈特命令所有成員見到“先知”（目前所有人都還不知先知已死，而你不是先知）遍將其立刻射殺，走到這里時會有一外星飛行物撞擊。

　　 隨著撞擊，主角阿卡特茲掉落到了街上，發現CELL成員正在追擊那架外星飛行物并將其擊毀了。

　　 博士古巴依然認為你還是先知，并通知你立刻去外星飛行物失事地點獲取外星生物的樣本，這有可能是打敗外星人的關鍵所在。街道走到底左轉進入停車場。

　　 停車場內到處都是CELL成員，殺敵時配合好隱匿能力，盡快射殺。

　　停車場內一直向上走就可以了，到這里會有一個汽油桶，擊爆它炸掉旁邊的CELL成員。

　　 出了停車場后，走到樓梯口這里，會有帶鐳射掛件以及消聲器的武器，消聲器是最重要的，可減少你殺敵時被其它敵人發現的概率，掛件可按下“X”來進行選擇。

　　 從樓梯上去之后會發現街道上遍布了CELL成員，打開戰術望遠鏡，利用系統提示的戰術路線（1）的下水道前進，以避開CELL成員。

　　 走到下水道盡頭后從戰術路線（2）跳出來。

　　將上面的敵人以及正對面吉普車上的敵人秒殺之。

　　 跳到樓上去。

到這里發現了外星飛行物的殘骸，周圍遍布CELL成員巡視，由于敵人眾多，盡量減少殺敵聲響或選擇隱匿完成任務。

　　 走到最下方時，會有CELL部隊的直升機趕來，里面有火箭筒，按主鍵盤“3”切換。

　　一炮轟掉。

　　 然后上去從左側樓梯走到電梯門口，互動鍵“F”強行打開電梯門，跳下去。

　　 從下水道中穿到外星飛船失事內部。

　　 按“B”打開戰術望遠鏡后“F”鎖定任務目標，博士古德會傳來訊息，外星人并不在這里，周圍都是人類的殘骸。

　　于是從窗口再出去。

　　 這時，遇到了第一個攻擊型外星人，其想要入侵納米服，不過被智能系統拒絕了。

　　 這里的外星人會使用近戰和遠距離射擊。不過還是比較脆弱的，開啟防御能力輕松干掉，感覺要比CELL成員的攻擊力低多了……

　　 殺掉第一個外星生物以后，走到其尸體旁按“F”獲取DNA。

　　每個外星人的DNA都可用作納米服的納米點數來升級技能，按下“H”打開納米服強化欄，納米服強化共分為4類，每一類只許選擇一項能力進行套用，根據自己的情況以及現有點數來分配吧。隨后便是繼續追尋博士古德。

　　 分配完納米服能力后徑直往前走，會發現CELL成員正在和外星生物戰斗，可選擇圍觀，不過最后還是得由你自己來干掉外星人。

　　 可利用周圍爆炸物來降低殺敵難度。

　　 殺完外星生物后走到底部右轉進去，第三關結束。

第4關：道路狂飆

　　這一關繼續與古德博士會合，從對話中了解到CELL部隊指揮官洛克哈特已經親自出馬，需要多加小心。從右側樓梯上去。

　　走到窗戶前納米服系統強制控制，發現CELL部隊指揮官洛克哈特與另一位名叫史崔克蘭的女士爭吵，指揮官主張擊斃“先知”，而史崔克蘭則強烈反對，因為其主公司的命令似乎是要活捉。

　　隨后，二人坐著直升機飛走后，解除控制，這里到處都是CELL成員，使用戰術望遠鏡鎖定目標，以及尋找戰術路線。從窗戶中隱匿跳出去。

　　然后在盡量不驚動敵人的情況下從軌道上穿過，可以躲避戰斗。

　　從橋上左側跳下后進入地下通道，穿過馬路。

　　出來后記得先把身后吉普車內的炮手干掉。

　　然后徑直走到底從左側的斜坡上橋，中途有部分CELL成員，注意躲避或擊殺掉。

　　上橋后有彈藥補給，此時來了一小隊CELL成員，注意兩輛吉普車上的機槍炮手。

　　佩戴消聲器和鐳射掛件使用隱匿能力輕松干掉。

　　下橋后依然會有CELL成員，注意掩護以及能量補充。

　　干掉敵人后從倒塌的集裝箱上大跳過去。

　　這時會出現系統強制控制，因為橋要坍塌了。

解除控制后跳下去，系統會提示使用“N”來打開納米服視覺，也就是熱感應。注意前方會有3個敵人，橋上兩個，左側樓梯1個。

　　下橋后前方會有一機槍炮臺，建議提前消聲干掉。

　　干掉后從大門左側的下水道穿過敵人，別沖的太快，無論你是否被發現AI都會往里面扔一顆手榴彈。

　　走到底后消聲干掉下水道上方的敵人。

　　干掉敵人后跳上下水道，貼左側墻來通過，注意隱匿，這里敵人非常多。

　　走到這里時右轉，注意正前方有一裝甲車，被發現的話會被大炮瞄上的……

　　轉到里面后一共有5～7個敵人，從門里過去。

　　從集裝箱內部穿過，會有一輛空的裝甲車，按互動鍵“F”進入。

　　移動仍然是“WSAD”，鼠標左鍵發射小炮，右鍵發射火箭，這時候基本上就無敵了，可以大開殺戒了。

　　從橋下穿過，里面會有眾多CELL成員形成路障，并且還伴隨著直升機，都可以用火箭打下來。

　　出來后會有兩輛和你相同的裝甲車，注意不要被火箭連續命中即可。

　　走到里面就全是步兵了，搞定以后下車。

　　下車后別沖的太快，門里會突然沖出來一個CELL成員，秒殺后進門過關。

第5關：實驗室鼠輩

　　阿卡特茲和古德的匯合點已經被CELL成員入侵了，古德已經逃到了新的匯合點，而古德的實驗室里有很多重要的資料，不能被CELL成員得到，所以阿卡特茲被要求在CELL成員找到那些資料前將機器摧毀。

　　一開始先隱匿將狙擊手刺殺，拾起他的狙，按“X”換上消聲器，由于敵人眾多，所以盡量不要殺敵，以免拖延戰斗。

　　拾起狙后從右側跳到一堆集裝箱下方。

　　潛入水中不會被敵人發現，一直潛到離任務點最近的地方。

　　當浮出水面時記得開啟隱匿能力，周圍敵人很多，跳上去，爬樓梯。

　　從木板上走到對面。

　　從鐵門下方鉆進去。

　　里面會有3個CELL成員，殺之。

　　殺了那3個敵人以后從機槍臺后側方進入電梯，注意隱匿出電梯前會有CELL成員。

　　出了電梯以后發現有三個CELL成員正在拷貝古德的數據資料，將三個敵人都殺掉，然后走到任務目標前開槍摧毀。

　　當機器摧毀后敵人的直升機前來支援，從這里拿上狙擊槍。

瞅準時機將飛機上的機槍手擊斃，最高難度下需要5～6槍搞定。

　　殺掉了第一個機槍手后直升機暫時撤離，回到電梯會有兩個CELL成員趕上來。

　　玻璃頂上方會有很多CELL成員，建議使用隱匿+狙擊槍輕松搞定，若未爆頭，狙擊槍兩下殺死一個，瞄準時，按“V”放大倍數。

　　將CELL成員都殺了以后直升機會換上第二個機槍手進行掃射，向剛才一樣用狙殺掉，這次會出現更多的敵人，注意能量補充，電梯依然會上來兩個敵人。

　　這一輪進攻結束后直升機開始使用導彈轟炸，這時可以尋找地上的火箭筒一炮轟之結束戰斗。

　　轟掉后的飛機將地板沖斷了，跳下去。

　　進門從樓梯下去，古德博士來電通知你去向他匯合。

　　走到最底層有個通道，把鎖打爛后跳出去，然后上樓。

　　從樓梯走到外面以后跳到架橋上面，一路上沒有敵人，盡快通過。

　　到這里會有4個CELL成員，樓梯下一個，樓梯口和左側欄桿上有兩個，上去后左側還有一個。

　　敵人全都搞定后開鎖進門。

　　走到電梯前等古德博士放下電梯。

　　坐上椅子開始研究生化裝的深沉易變，這時博士還一直認為你是“先知”。

　　當系統連線以后博士發現你不是先知，以為你是CELL的一員，后通過生化裝的殘留影像得知是先知將生化裝交給了阿卡特茲，隨后交代了一些事情后便舉槍自殺。

　　進入另一個房間后博士沮喪的向你介紹了一下你這套衣服的來源是由哈格瑞夫設計的，并且先知曾是哈格瑞夫的手下的一名特務，正在交談時，CELL成員發現了這里，對屋內進行攻擊。

　　博士把你送到門外后從另一條路逃走，你需要將前來掃蕩的敵人都滅掉。

　　將入侵的CELL成員全部解決以后，走到窗前，觸發劇情任務結束。